ressources:linux:utilisation:base:installation:archives:accueil [Wiki]

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<callout type="primary" icon="false">
**Installation automatique**
  - installation de Linux
  - création du mot de passe root
  - depuis la session locale, en root, exécuter le script

<btn type="danger" icon="fa fa-linux" modal="labo" size="md"> Script d'installation</btn>\\
**Ne pas oublier d'installer le dernier driver vidéo Nvidia pour éviter les problèmes de blocage de l'ordinateur.**
</callout>

<modal id="labo"> 
<code>
# programmes de base
apt-get -y install autofs portmap nis nfs-common gnome-terminal ssh

# acces root ssh
echo 'PermitRootLogin yes' >> /etc/ssh/sshd_config
service ssh restart

# connexion au serveur
cd /etc
printf "me2" > defaultdomain
printf '#
# yp.conf       Configuration file for the ypbind process. You can define
#               NIS servers manually here if they can t be found by
#               broadcasting on the local net (which is the default).
#
#               See the manual page of ypbind for the syntax of this file.
#
# IMPORTANT:    For the "ypserver", use IP addresses, or make sure that
#               the host is in /etc/hosts. This file is only interpreted
#               once, and if DNS isn t reachable yet the ypserver cannot
#               be resolved and ypbind won t ever bind to the server.

# ypserver ypserver.network.com
domain me2 server 132.207.39.99
#' >yp.conf
printf '# /etc/nsswitch.conf
#
# Example configuration of GNU Name Service Switch functionality.
# If you have the "glibc-doc-reference" and "info" packages installed, try:
# "info libc "Name Service Switch"" for information about this file.

passwd:         compat nis
group:          compat nis
shadow:         compat nis
gshadow:        files

hosts:          files mdns4_minimal [NOTFOUND=return] dns myhostname
networks:       files

protocols:      db files
services:       db files
ethers:         db files
rpc:            db files

netgroup:       nis
automount:      nis

##' > nsswitch.conf
service autofs stop
service ypbind stop
service portmap stop
systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service
service portmap start
service ypbind start
service autofs start
systemctl enable ypbind
systemctl enable autofs

# interface de connexion
cd /etc/lightdm/lightdm.conf.d/
printf '[SeatDefaults]
user-session=cinnamon
greeter-show-manual-login = true
greeter-hide-users = true
allow-guest = false

##' > 70-linuxmint.conf

# activation de xrdp
apt-get install xrdp net-tools
systemctl enable xrdp

# installation des logiciels requis
# Mint 21: 
apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep pdftk-java texstudio pdftk xournal

# Mint 20:
# apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser libapache2-mod-wsgi apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp openshot guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep

# thèmes Geany
cp /apps/hephaistos/logiciels/linux/geany/*.conf /usr/share/geany/colorschemes/;chmod u=rw /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod g=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod o=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;

#Brave
apt install curl
curl -fsSLo /usr/share/keyrings/brave-browser-archive-keyring.gpg https://brave-browser-apt-release.s3.brave.com/brave-browser-archive-keyring.gpg
echo "deb [signed-by=/usr/share/keyrings/brave-browser-archive-keyring.gpg] https://brave-browser-apt-release.s3.brave.com/ stable main"|sudo tee /etc/apt/sources.list.d/brave-browser-release.list
apt update
apt install brave-browser

# suppression de Firefox
apt remove firefox

# ajout du conteneur Singularity (Salome 2022)
wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v3.9.7/singularity-ce_3.9.7-bionic_amd64.deb
sudo apt install ./singularity-ce_3.9.7-bionic_amd64.deb

apt-get update
apt-get -y upgrade
reboot

</code>
</modal>


Cette page vous permet de configurer un ordinateur sur le modèle de ceux du laboratoire. La distribution Linux utilisée au laboratoire est [[http://www.linuxmint.com|Linux Mint]]. Ce système est basé sur la distribution Ubuntu, trois versions sont rendues disponibles chaque année: aux mois de juin (X.1), d'octobre (X.2) et décembre (X.3).

Liste des versions validées dans le cadre de la procédure décrite sur cette page:
  * **Mint 21** ✓ (<fc #008000>oper.</fc>)
  * **Mint 20** ✓ (<fc #008000>oper.</fc>)
  * **Mint 19.3** ✓ (<fc #ff0000>caduque</fc>)
  * **Mint 19.2** ✓ (<fc #ff0000>caduque</fc>)
  * **Mint 19.1** ✓ (<fc #ff0000>caduque</fc>)
  * **Mint 18.2** ✓ (<fc #ff0000>caduque</fc>)
  * **Mint 18.1** ✓ (<fc #ff0000>caduque</fc>)

<callout icon="mdi mdi-school" type="warning">
Les sections débutant avec une icône {{mdi>school}} indiquent les étapes spécifiques aux ordinateurs du laboratoire, à ignorer pour une installation sur un ordinateur personnel.
</callout>

===== - Procédure d'installation =====

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="1 - préparation du medium d'installation">
Le système d'exploitation est installé à partir d'une clé USB sur laquelle est déposée une image .iso (disponible [[https://www.linuxmint.com/release.php?id=35|ici]]). Un périphérique USB peut être rendu //bootable// grâce à l'utilisation des logiciels <code>
USB Stick Formatter</code>et<code>
USB Image Writer</code>
disponibles par défaut sous Linux Mint. 

<callout type="danger" icon="mdi mdi-alert">
Avec certaines versions de Linux Mint, des problèmes d'accès à des périphériques USB peuvent survenir. Une façon de contourner ces problèmes est d'exécuter les programmes mentionnés précédemment en tant que //root//:<code>
su root
mintstick -m format</code>et<code>
su root
mintstick -m iso</code>
</callout>
</panel>
<panel type="warning" title="2 - installation du système d'exploitation">
Les paramètres d'installation utilisés sont ceux par défaut, **sans installation des logiciels tiers**, avec un clavier canadien multilingue. Le fuseau horaire est choisi en renseignant dans le champ de la ville ''Mont-real'' car Mint ne semble pas connaître Montréal... Notez que pour pouvoir avoir accès à la sélection de ''Mont-real'', il faut être connecté à internet.

Sur un ordinateur portable, je vous recommande de choisir l'option de cryptage du disque dur (incluant l'espace libre).

==== En cas de pépin ====
  * pour lancer en ligne de commande l'installation de Mint depuis un disque boot:<code>
ubiquity</code>
  * pour afficher depuis un terminal la fenêtre de paramètres Mint:<code>
cinnamon-settings</code>
</panel>
<panel type="warning" title="3 - mot de passe root">
Depuis un compte utilisateur classique:<code>
sudo -i</code>puis:<code>
passwd</code>
</panel>
<panel type="warning" title="4 - configuration réseau pour connexion à Hephaïstos">
<callout icon="mdi mdi-school" type="warning">
Spécifique aux ordinateurs du laboratoire.
</callout>

==== Paramétrage d'Hephaïstos ====
Aucune connexion d'une nouvelle machine n'est possible si le fichier <code>/etc/exports</code> d'Hephaïstos n'a pas été modifié en y ajoutant le nom réseau du nouveau PC installé! Il faudra ensuite exécuter la commande:<code>
exportfs -r</code> pour que le nouveau PC puisse se connecter.

==== Connexion au serveur d'authentification ====
Une fois le système d'exploitation installé, voici les étapes à suivre //en tant que root// pour vous connecter à Héphaïstos:
  - Si ''/home'' n'est pas vide, déplacer son contenu dans un répertoire ''/home_local'':<code>
mkdir /home_local/
chmod 700 /home_local
mv /home/* /home_local/</code>
  - installer les paquets requis:<code>
apt-get -y install autofs portmap nis nfs-common gnome-terminal ssh</code> Le nom du serveur à renseigner est ''me2''
  - si aucun écran n'est apparu vous demandant le nom du serveur nis, il faut créer un fichier manuellement:<code>
nano /etc/defaultdomain</code>et écrire<code>
me2</code><code>
-> ctrl + x
-> y
-> entrée</code>
  - ajouter au fichier yp.conf la ligne:<code>
nano /etc/yp.conf</code>et écrire<code>
domain me2 server 132.207.39.99</code>
  - modifier le fichier nsswitch.conf:<code>
nano /etc/nsswitch.conf</code>modifier les lignes:<code>
-> passwd : compat nis
-> group  : compat nis
-> shadow : compat nis</code> et ajouter à la fin de ce fichier:<code>
automount: nis</code>
  - arrêter manuellement quelques services:<code>
service autofs stop
service ypbind stop
service portmap stop</code>
  - apporter un correctif spécifique à Ubuntu pour permettre au PC de démarrer correctement:<code>
systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service</code>
  - redémarrer les services éteints:<code>
service portmap start
service ypbind start
service autofs start
systemctl enable ypbind
systemctl enable autofs
</code>

À ce stade, en se déplaçant dans <code>/apps/hephaistos/</code> on doit voir les répertoires du serveur.

==== Inscription DNS ====
Pour les nouveaux PC, ou lorsque le lieu de connexion du PC a changé, envoyer l'adresse MAC de la machine à notre analyste réseau ''mec-informatique@polymtl.ca'' pour l'inscription DNS:<code>
ifconfig</code>

</panel>
<panel type="warning" title="5 - configuration de l'interface de connexion">
==== Lightdm (Ubuntu 16/18, Mint 17/18/19) ====
Il faut éditer le fichier lightdm.conf (valable pour Mint 19):<code>
nano /etc/lightdm/lightdm.conf.d/70-linuxmint.conf
</code> et y écrire:<code>
[SeatDefaults]
user-session=cinnamon
greeter-show-manual-login = true
greeter-hide-users = true
allow-guest = false
</code>
==== Activation de Xrdp ====
Installer Xrdp et net-tools:<code>apt-get install xrdp net-tools</code>puis activer ''Xrdp'':<code>systemctl enable xrdp</code>

**Attention**: des problèmes de prise en compte des claviers canadiens français multilingues ont été notés. Il faut exécuter la commande:<code>setxkbmap</code>en tant que //root// sur chaque PC pour les régler (testé sur coros-05 en janvier 2022).
</panel>
<panel type="warning" title="6 - configuration locale du poste">
<callout type="warning" icon="true">
Le service ''logind'' sous Mint semble causer un ralentissement de la connexion au serveur d'authentification (incompatibilité avec NIS probablement). Il est présentement expérimenté de désactiver ce service (coros-02, crs-0x, coros-01):<code>
systemctl mask systemd-logind.service</code>
Il est déconseillé de désactiver ce service sur une machine qui ne serait pas connectée au réseau du laboratoire.
</callout>

==== Mise à jour ====

++++ Mint 20 | \\
Si votre ordinateur dispose d'une carte graphique Nvidia, il peut être requis d'installer les [[http://www.linuxandubuntu.com/home/how-to-install-latest-nvidia-drivers-in-linux|derniers pilotes ]].<code>
apt-get update; apt-get -y install nvidia-driver-440</code>

Avant d'installer plus de logiciels, faire cette opération de mise à jour:<code>
apt-get -y install fail2ban;apt-get update;apt-get -y upgrade</code>
++++
++++ Mint 19.1 | \\
Pour **Mint 19.1** uniquement, la mise à jour complète du système génère une erreur. Pour la réparer, il faut exécuter la commande:<code>
dpkg --configure -a</code>puis relancer la mise à jour:<code>
apt-get -y install fail2ban;apt-get update;apt-get -y upgrade</code>
++++

==== Liste de logiciels requis au laboratoire ====
La commande de base à exécuter est:
=== Mint 21 ===
<code>
apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep pdftk-java texstudio pdftk xournal</code>
=== Mint 20 ===
<code>
apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser libapache2-mod-wsgi apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp openshot guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep</code>
Pour un ordinateur personnel, ajouter les composants:
  * [[https://support.zoom.us/hc/en-us/articles/204206269-Installing-or-updating-Zoom-on-Linux|zoom]]
  * [[https://cas.polymtl.ca/cas/login?service=https%3A%2F%2Fwww.polymtl.ca%2Fsi%2Facces-securise-rvp-ou-vpn|vpn poly]]
  * imprimante
  * gscan2pdf
  * [[https://www.synology.com/en-ca/support/download|synology drive client]]
  * ...
Et éventuellement le ''mount'' d'un disque local (le plus simple est d'utiliser l'utilitaire ''disks'' de Mint après installation), en tant que root:<code>
mkdir /local
mount /dev/sda2 /local
</code>
Il faut ensuire créer le lien symbolique suivant:
<code>
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6
</code>
Ce dernier lien est requis pour la bonne utilisation du code ''opti_aubes'' (les instructions MatPlotLib qu'il contient cherchent la bibliothèque de programme ''libffi.so.6'' qui a été remplacée par ''libffi.so.7'' sous Linux Mint 20.x, voir. [[https://stackoverflow.com/questions/61875869/ubuntu-20-04-upgrade-python-missing-libffi-so-6|ce forum]]).
=== Mint 19.1 ===
++++ Mint 19.1 | \\
<code>
apt-get -y install gedit geany meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser libapache2-mod-wsgi apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh chromium-browser clusterssh gitk blender kwrite gimp openshot guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut snapd libwxgtk3.0-dev; snap install pycharm-community --classic</code>
++++


</panel>
</accordion>

===== - Installation de logiciels et composants =====
<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title=Salome-meca">
==== Mint 20.x ====
<callout type="warning" icon="true" title="Choix de version"> 
    * À partir de la version 2021.0, Salome meca ne fait plus appel à des dépendances systèmes, celles-ci sont incluses dans un "Singularity Container" dans le but de faciliter l'installation.
    * Le temps d'ouverture de l'application est significativement plus long à cause du chargement du container, ce qui pose problème dans le contexte d'optimisation itératif. Ci-dessous quelques temps d'exécution:
        * module CST: version 2020.0.1 => 11 sec VS version 2021.0 => 19 sec
        * ouverture de salome meca en interactif => 2020.0.1 => 1.2 sec VS version 2021.0 => 4.4 sec
    * **Par conséquent la version 2020.0.1 de salome meca est considérée dans tout ce qui suit.**
</callout>

<callout type="warning" icon="true" title="Vérification de l'intégrité du téléchargement"> 
    * De fréquentes erreurs de téléchargement à partir du site de salome meca entraînenent la corruption des archives et des erreurs d'exécution (type //erreur MD5//). La procédure ci-dessous est recommandée:
    * 1. Copier le lien de la version à télécharger à partir de [[https://code-aster.org/spip.php?article295|cette page]] et faire le téléchargement à partir du terminal: 
      * <code>wget https://code-aster.org/FICHIERS/salome_meca-2020.0.1-1-universal.tgz</code>
    * 2. Décompresser le fichier .tar 
    * 3. Obtenir le hash du fichir avec la commande suivante et le comparer à celui donné sur la page de téléchargement
      * <code>sha1sum salome_meca-2020.0.1-1-universal.run</code>
      * si le hash n'est pas bon recommencer le téléchargement ! (il m'a fallu plusieurs essais)
</callout>


<callout type="info" icon="true" title="Précautions d'installation"> 
    * 1. **placer le fichier téléchargé dans un dossier ne contenant PAS d'accent (même sous linux!) avant de lancer l'installation !!**
    * 2. lancer l'installation avec:
      * <code>./salome_meca-2020.0.1-1-universal.run </code>
    * 3. bien suivre les messages d'installation en terminal lors de l'installation, en particulier, il se peut que des librairies soient manquantes. J'ai par exemple dû installer :
      *  <code> sudo apt-get install net-tools </code>
      * **vérifier la liste des prérequis [[https://www.code-aster.org/V2/spip.php?article91|ici]]**
      * bug rencontré sous Ubuntu 22 : [[https://code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=23294|application non créee]] => nécessite d'utiliser python2 aliasé comme ''python'' temporairement
    * 4. tenter le lancement de salome meca en interface graphique d'abord. L'exécutable est localisé dans 
      * <code> dossier_installation/appli_V2020.0.1_universal_universal/salome </code>
    * 5. tester l'ouverture des différentes modules dans la barre en haut (GEOM, SMESH, AsterStudy)
    * Quelques erreur rencontrées et références utiles pouvait aider à l'installation:
      * //OpenGl_Window::CreateWindow: glXCreateContext failed.// => [[https://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=24956|forum]]
      * //Failed to activate module AsterStudy//, problèmes de librairie libffi.so. => [[https://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=24883|forum]] 
</callout>

  * **En cas de besoin** [[https://www.youtube.com/watch?v=NujPgPMi6BI|vidéo complète de téléchargement et installation de salome meca]] (il s'agit d'une version antérieure mais c'est explicatif quand même)
  

++++ Requis sous Mint 19.x | \\
Voici une [[..:..:..:installsalome|brève procédure]] (à valider) trouvée sur internet pour installer Salomé. Plusieurs librairies semblet manquantes sur les PCs Mint 19.1 comparativement à Mint 18.2 et cela empêche le lancement de Salomé...
=== libicui18n.so.55 manquant ===
Il faut exécuter (en tant que root) les commandes suivantes:
  - téléchargement: <code>
wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/i/icu/libicu55_55.1-7_amd64.deb</code>
  - exécution: <code>
dpkg -i libicu55_55.1-7_amd64.deb</code>
  - installation: <code>
apt-get -f install</code>
=== libpng12.so.0 manquant ===
Il faut exécuter (en tant que root) les commandes suivantes:
  - téléchargement: <code>
wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libp/libpng/libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1.1_amd64.deb</code>
  - exécution: <code>
dpkg -i libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1.1_amd64.deb</code>
  - installation: <code>
apt-get -f install</code>
=== Autres bibliothèques requises ===
En tant que root:
<code>
cd /tmp
wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/i/icu/libicu55_55.1-7ubuntu0.4_amd64.deb
sudo dpkg -i libicu55_55.1-7ubuntu0.4_amd64.deb
wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libp/libpng/libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1.1_amd64.deb
sudo dpkg -i libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1.1_amd64.deb
sudo apt-get install libQt5* net-tools libnlopt0
</code>  
++++
</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="code Aster seul">
<callout type="warning" icon="true" title="Vérification de l'intégrité du téléchargement"> 
    * De fréquentes erreurs de téléchargement à partir du site de code aster entraînent la corruption des archives et des erreurs d'exécution (type //erreur MD5//). La procédure ci-dessous est recommandée:
    * 1. Copier le lien de la version à télécharger à partir de [[https://www.code-aster.org/spip.php?article272|cette page]] et faire le téléchargement à partir du terminal: 
       * <code>wget https://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-14.6.0-1.noarch.tar.gz</code>
    * 2. Décompresser le fichier .tar
    * 3. Obtenir le hash du fichier avec la commande suivante et le comparer à celui donné sur la page de téléchargement
      * <code>sha1sum nom_fichier</code>
      * si le hash n'est pas bon, recommencer le téléchargement !
</callout>


<callout type="info" icon="true" title="précautions d'installation"> 
    * 1. **placer le fichier téléchargé dans un dossier ne contenant PAS d'accent (même sous linux!) avant de lancer l'installation !!**
      * voir à ce sujet le dernier message de [[https://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=24647|ce post]]
      * si ce n'est pas fait, l'erreur suivante pourrait survenir : //error while loading shared libraries: libmed.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory//
    * 2. Vérifier que tous les prérequis sont bien installés (voir README)
    * 3. Lancer l'installation (infos dans le readme), la compilation prend un peu de temps. 
      * désactiver les environnements conda pour l'installation (''conda deactivate'') (//pas trouvé comment le faire marcher avec même en modifiant les options de // ''setup.cfg''
      * [[https://precice.org/adapter-code_aster.html|lien utile]]
    * 4. L'exécutable aster est <code>dossier_aster/bin/as_run</code>. Tester l'installation avec :
      * <code> as_run --version </code>
    * 5. Faire un calcul test avec : 
       * <code> as_run --vers=14.6 --test forma01a </code>
       * Le résultat est disponible dans ce fichier {{ :recherche:doctorats:skojtych:passage_samecf_codeaster:recap.txt |}}. Ce n'est pas grave si il y a une "ALARM" due à l'exécution d'une vieille version de code aster.
</callout>


  * **En cas de besoin** [[https://www.youtube.com/watch?v=HQTiy3ixNro|vidéo complète de téléchargement et installation de aster]]  


</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="OpenFoam / Paraview">
==== Installation d'OpenFoam / Paraview ====
=== OpenFoam 6 ===
Les commandes ci-dessous sont issues de la [[https://openfoam.org/download/6-ubuntu/|page d'installation]] du site officiel d'openfoam. Ces commandes sont à exécuter en tant que ''root''.
  - se placer dans un répertoire temporaire: <code>
cd /tmp</code>
  - téléchargement: <code>
sh -c "wget -O - http://dl.openfoam.org/gpg.key | apt-key add -"</code>
  - ajout d'un dépot: <code>
add-apt-repository http://dl.openfoam.org/ubuntu</code>
  - recherche des mises à jour: <code>
apt-get update</code>
  - installation: <code>
apt-get -y install openfoam6</code>
  - inscription dans le .bashrc:<code>
echo '# ' >> ~/.bashrc
echo '# appel openFoam' >> ~/.bashrc
echo '. /opt/openfoam6/etc/bashrc' >> ~/.bashrc</code>
Pour vérifier la bonne installation d'openfoam, il suffit d'exécuter: <code>
simpleFoam</code>

=== Paraview ===
En tant que root:<code>
apt-get install paraview
apt-get install paraview-dev</code>
ou, manuellement:
  - lancer ''Synaptic'': <code>
synaptic</code>
  - rechercher ''paraview'' et cocher <code>paraview-dev</code> pour installation
  - sélectionner ''apply changes'' pour installer le logiciel
Pour vérifier la bonne installation de paraView, il suffit d'exécuter: <code>
paraFoam -builtin</code>
</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="thèmes Geany">

<callout icon="mdi mdi-school" type="warning">
Spécifique aux ordinateurs du laboratoire.
</callout>

Exécutez la commande:<code>
cp /apps/hephaistos/logiciels/linux/geany/*.conf /usr/share/geany/colorschemes/;chmod u=rw /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod g=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod o=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;</code>
</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="PDFTK (inutile sur les systèmes Mint 21 et plus récents)">
//Au 20 juillet 2019; les liens internet du script ont été mis à jour//. Pour pouvoir installer pdftk sur Ubuntu 18.04 ou Mint 19.x, il faut exécuter en tant que root:<code>
cd ~
gedit pdftk_install.sh</code>
et copier dans ce fichier les lignes suivantes:
++++ fichier pdftk_install.sh | \\ 
<code>
#!/bin/bash
#
# author: abu
# date:   May 12 2018
# description: bash script to install pdftk on Ubuntu 18.04 for amd64 machines
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# change to /tmp directory
cd /tmp
# download packages
# wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/g/gcc-6/libgcj17_6.4.0-8ubuntu1_amd64.deb \
#     http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/g/gcc-defaults/libgcj-common_6.4-3ubuntu1_all.deb \
#     http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/p/pdftk/pdftk_2.02-4build1_amd64.deb \
#     http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/p/pdftk/pdftk-dbg_2.02-4build1_amd64.deb
# ajout 20 juillet 2019:
wget https://launchpad.net/ubuntu/+source/gcc-6/6.4.0-8ubuntu1/+build/13563762/+files/libgcj17_6.4.0-8ubuntu1_amd64.deb\
     http://launchpadlibrarian.net/337429932/libgcj-common_6.4-3ubuntu1_all.deb \
     https://launchpad.net/ubuntu/+source/pdftk/2.02-4build1/+build/10581759/+files/pdftk_2.02-4build1_amd64.deb \
    https://launchpad.net/ubuntu/+source/pdftk/2.02-4build1/+build/10581759/+files/pdftk-dbg_2.02-4build1_amd64.deb \
# fin ajout
echo -e "Packages for pdftk downloaded\n\n"
# install packages
echo -e "\n\n Installing pdftk: \n\n"
sudo apt-get install ./libgcj17_6.4.0-8ubuntu1_amd64.deb \
    ./libgcj-common_6.4-3ubuntu1_all.deb \
    ./pdftk_2.02-4build1_amd64.deb \
    ./pdftk-dbg_2.02-4build1_amd64.deb
echo -e "\n\n pdftk installed\n"
echo -e "   try it in shell with: > pdftk \n"
# delete deb files in /tmp directory
rm ./libgcj17_6.4.0-8ubuntu1_amd64.deb
rm ./libgcj-common_6.4-3ubuntu1_all.deb
rm ./pdftk_2.02-4build1_amd64.deb
rm ./pdftk-dbg_2.02-4build1_amd64.deb</code>
++++
Il faut ensuite rendre le fichier exécutable:<code>
chmod 700 pdftk_install.sh</code>
puis l'exécuter:<code>
./pdftk_install.sh</code>
</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="imprimante (salle C-551)">
<callout icon="mdi mdi-school" type="warning">
Spécifique aux ordinateurs du laboratoire.
</callout>

En tant que root: <code>
system-config-printer
</code>ajouter une imprimante réseau (M402dw - HP).

</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="paramétrage SSH">
Il ne faut pas oublier de permettre la connexion SSH pour root en modifiant l'option <code>PermitRootLogin</code> à:<code>
PermitRootLogin yes
</code>

Depuis la version 19 de la distribution Mint, la configuration par défaut de <code>ssh</code> a été modifiée et cela a pour conséquence de créer un délai (de l'ordre de la trentaine de secondes) lors d'une connexion ssh sur une machine du laboratoire. Pour remédier à ce problème, il faut s'assurer que dans le fichier <code>
/etc/ssh/sshd_config</code>les options suivantes sont prises en compte :<code>
GSSAPIAuthentication no
GSSAPICleanupCredentials yes
UsePAM no
UseDNS no
</code>
Plus d'informations à ce sujet [[https://unix.stackexchange.com/questions/298698/ssh-very-slow-connection|ici]].

Les fichiers ci-dessous doivent être placés dans ''/etc/ssh/'' (il faut supprimer l'extension ''.txt''):\\ 
  * ''ssh_config'', {{..:..:..:ssh_config.txt}} ++ contenu du fichier: |\\ 
<code>
# This is the ssh client system-wide configuration file.  See
# ssh_config(5) for more information.  This file provides defaults for
# users, and the values can be changed in per-user configuration files
# or on the command line.

# Configuration data is parsed as follows:
#  1. command line options
#  2. user-specific file
#  3. system-wide file
# Any configuration value is only changed the first time it is set.
# Thus, host-specific definitions should be at the beginning of the
# configuration file, and defaults at the end.

# Site-wide defaults for some commonly used options.  For a comprehensive
# list of available options, their meanings and defaults, please see the
# ssh_config(5) man page.

Host *
#   ForwardAgent no
#   ForwardX11 no
#   ForwardX11Trusted yes
#   RhostsRSAAuthentication no
#   RSAAuthentication yes
#   PasswordAuthentication yes
#   HostbasedAuthentication no
#   GSSAPIAuthentication no
#   GSSAPIDelegateCredentials no
#   GSSAPIKeyExchange no
#   GSSAPITrustDNS no
#   BatchMode no
#   CheckHostIP yes
#   AddressFamily any
#   ConnectTimeout 0
#   StrictHostKeyChecking ask
#   IdentityFile ~/.ssh/identity
#   IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
#   IdentityFile ~/.ssh/id_dsa
#   IdentityFile ~/.ssh/id_ecdsa
#   IdentityFile ~/.ssh/id_ed25519
#   Port 22
#   Protocol 2
#   Cipher 3des
#   Ciphers aes128-ctr,aes192-ctr,aes256-ctr,arcfour256,arcfour128,aes128-cbc,3des-cbc
#   MACs hmac-md5,hmac-sha1,umac-64@openssh.com,hmac-ripemd160
#   EscapeChar ~
#   Tunnel no
#   TunnelDevice any:any
#   PermitLocalCommand no
#   VisualHostKey no
#   ProxyCommand ssh -q -W %h:%p gateway.example.com
#   RekeyLimit 1G 1h
    SendEnv LANG LC_*
    HashKnownHosts yes
    GSSAPIAuthentication yes
    GSSAPIDelegateCredentials no
</code> ++
  * ''sshd_config'', {{..:..:..:sshd_config.txt}} ++ contenu du fichier: |\\ 
<code>
# Package generated configuration file
# See the sshd_config(5) manpage for details

# What ports, IPs and protocols we listen for
Port 22
# Use these options to restrict which interfaces/protocols sshd will bind to
#ListenAddress ::
#ListenAddress 0.0.0.0
Protocol 2
# HostKeys for protocol version 2
HostKey /etc/ssh/ssh_host_rsa_key
HostKey /etc/ssh/ssh_host_dsa_key
HostKey /etc/ssh/ssh_host_ecdsa_key
HostKey /etc/ssh/ssh_host_ed25519_key
#Privilege Separation is turned on for security
UsePrivilegeSeparation yes

# Lifetime and size of ephemeral version 1 server key
KeyRegenerationInterval 3600
ServerKeyBits 1024

# Logging
SyslogFacility AUTH
LogLevel INFO

# Authentication:
LoginGraceTime 120
PermitRootLogin yes
#prohibit-password
StrictModes yes

RSAAuthentication yes
PubkeyAuthentication yes
#AuthorizedKeysFile	%h/.ssh/authorized_keys

# Don't read the user's ~/.rhosts and ~/.shosts files
IgnoreRhosts yes
# For this to work you will also need host keys in /etc/ssh_known_hosts
RhostsRSAAuthentication no
# similar for protocol version 2
HostbasedAuthentication no
# Uncomment if you don't trust ~/.ssh/known_hosts for RhostsRSAAuthentication
#IgnoreUserKnownHosts yes

# To enable empty passwords, change to yes (NOT RECOMMENDED)
PermitEmptyPasswords no

# Change to yes to enable challenge-response passwords (beware issues with
# some PAM modules and threads)
ChallengeResponseAuthentication no

# Change to no to disable tunnelled clear text passwords
#PasswordAuthentication yes

# Kerberos options
#KerberosAuthentication no
#KerberosGetAFSToken no
#KerberosOrLocalPasswd yes
#KerberosTicketCleanup yes

# GSSAPI options
#GSSAPIAuthentication no
#GSSAPICleanupCredentials yes

X11Forwarding yes
X11DisplayOffset 10
PrintMotd no
PrintLastLog yes
TCPKeepAlive yes
#UseLogin no

#MaxStartups 10:30:60
#Banner /etc/issue.net

# Allow client to pass locale environment variables
AcceptEnv LANG LC_*

Subsystem sftp /usr/lib/openssh/sftp-server

# Set this to 'yes' to enable PAM authentication, account processing,
# and session processing. If this is enabled, PAM authentication will
# be allowed through the ChallengeResponseAuthentication and
# PasswordAuthentication.  Depending on your PAM configuration,
# PAM authentication via ChallengeResponseAuthentication may bypass
# the setting of "PermitRootLogin without-password".
# If you just want the PAM account and session checks to run without
# PAM authentication, then enable this but set PasswordAuthentication
# and ChallengeResponseAuthentication to 'no'.
UsePAM no
UseDNS no
</code> ++
</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="Orval">
Pour pouvoir lancer Orval, installez les composants suivants:
++++ Mint 20 | \\
<code>
apt-get -y install libboost-dev libboost-all-dev python-subprocess32 libboost-iostreams-dev libboost-system-dev libboost-filesystem-dev gnuplot libopenblas-dev
</code>
++++
++++ Mint 19.1 | \\
<code>
apt-get -y install libboost-dev libboost-all-dev python-systemd python-ioprocess python-subprocess32 libboost-iostreams-dev libboost-system-dev libboost-filesystem-dev gnuplot libopenblas-dev
</code>
++++
</panel>
</accordion>

<accordion collapsed="true">
<panel type="warning" title="Ansys">
Pour pouvoir exécuter Ansys, il faut également exécuter:<code>
apt-get install libmotif-dev</code>
puis installer <code>libXp.so.6</code> en téléchargeant dans <code>/tmp</code> {{..:..:..:libxp6_1.0.2-1ubuntu1_amd64.deb|ce fichier}} et en l'installant à l'aide de la commande:<code>
dpkg -i /tmp/libxp6_1.0.2-1ubuntu1_amd64.deb</code>

<callout type="warning" icon="true">
La procédure d'installation de Python MKL, qui peut être faite à ce stade de l'installation est décrite sur cette [[ressources:python:installation:accueil|page wiki]].
</callout>
</panel>

</accordion>

===== - Problèmes connus =====
<accordion collapsed="true">
<panel type="danger" title="pas de son pour les utilisateurs LDAP">
Problème fort mystérieux qui semble lié à un problème de permission des comptes LDAP. Après plusieurs tentatives, et deux ''reboot'', il semble que ces commandes résolvent le problème:<code>apt install alsa-base
alsa force-reload</code>
Il est aussi recommandé d'installer ''pavucontrol'':
<code>apt-get install pavucontrol</code>
</panel>
<panel type="danger" title="erreur au lancement de Matlab">
<callout type="danger" icon="true">
**Attention**: une nouvelle bibliothèque est requise sous Mint 20 pour pouvoir exécuter Matlab et éviter une erreur de type **segmentation fault (core dumped)**:<code>
apt-get -y install libncurses5
</code>
</callout>

Sur les dernières versions de Mint (> 20) et Ubuntu (> 20.04), le message d'erreur suivant apparaît au lancement de Matlab:<code>
p106594@x1:~$ matlab
MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering.
Segmentation fault (core dumped)</code>

Sur l'ordinateur où le problème est apparu, Matlab est installé localement dans le répertoire: <code>
usr/local/MATLAB/R2015b</code>

Le problème a été réparé en procédant de la façon suivante:
  - installation du paquet <code>libncurses5</code> (//legacy version//) avec synaptic
  - création des liens symboliques:<code>
ln -s lib/x86_64-linux-gnu/libncursesw.so.6 /usr/local/MATLAB/R2015b/bin/glnxa64/libncursesw.so.5
ln -s lib/x86_64-linux-gnu/libncurses.so.5 /usr/local/MATLAB/R2015b/bin/libncursesw.so.5
</code>
</panel>
<panel type="danger" title="perte automount au redémarrage du PC">

==== Description du problème ====
Sur certains ordinateurs (notamment Coros-06), il a été observé une perte de connexion automount après le redémarrage de l'ordinateur. Concrètement, ceci signifie que les répertoires <code>
/apps/hephaistos/...</code> ne sont pas accessibles, ce qui empêche toute ouverture de session sur l'ordinateur.

L'exécution en tant que ''root'' des commandes suivantes permet de rétablir la connexion:<code>
service autofs stop
service ypbind stop
service portmap stop
systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service 
service portmap start 
service ypbind start 
service autofs start</code> Il semble que le problème soit lié à un chargement trop rapide de certains services au démarrage de l'ordinateur. Il n'est toutefois pas clair pourquoi ce problème n'est apparu que sur Coros-06...
==== Résolution ====
Benoît Charbonneau propose de suivre les étapes suivantes pour remédier au problème:
  - Créer le fichier <code>/etc/systemd/system/network-online.service</code>
  - Mettre ce contenu dans le fichier<code>[Unit]
Description=Wait until NM actually online
Requires=NetworkManager-wait-online.service
After=NetworkManager-wait-online.service

[Service]
Type=oneshot
ExecStart=/usr/bin/nm-online -q --timeout=120
RemainAfterExit=yes

[Install]
WantedBy=multi-user.target

Activer le nouveau service
systemctl daemon-reload
systemctl enable --now network-online.service

Éditer le fichier /lib/systemd/system/autofs.service par ajouter network-online.service dans Requires et After

[Unit]
Description=Automounts filesystems on demand
Requires=network-online.service network.target rpc-statd.service rpcbind.service
After=network-online.service network.target ypbind.service sssd.service network-online.target remote-fs.target
Wants=network-online.target

[Service]
ExecStartPre=/bin/sleep 10
Type=forking
PIDFile=/var/run/autofs.pid
EnvironmentFile=-/etc/default/autofs
ExecStart=/usr/sbin/automount $OPTIONS --pid-file /var/run/autofs.pid
ExecReload=/bin/kill -HUP $MAINPID
TimeoutSec=180

[Install]
WantedBy=multi-user.target</code>
</panel>
<panel type="danger" title="erreur au lancement d'Aster study">
Si le message d'erreur:<code>
ImportError: libffi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
</code>apparaît au lancement d'Aster study, il faut suivre la procédure suivante:
  - téléchargement du fichier:<code>wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/libf/libffi/libffi6_3.2.1-8_amd64.deb</code>
  - installation de la bibliothèque de programmes associée:<code>sudo apt install ./libffi6_3.2.1-8_amd64.deb</code>
</panel>
</accordion>