Cette version (2024/02/23 06:43) est en ébauche.
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Installation automatique
  1. installation de Linux
  2. création du mot de passe root
  3. depuis la session locale, en root, exécuter le script

Script d'installation
Ne pas oublier d'installer le dernier driver vidéo Nvidia pour éviter les problèmes de blocage de l'ordinateur.

Cette page vous permet de configurer un ordinateur sur le modèle de ceux du laboratoire. La distribution Linux utilisée au laboratoire est Linux Mint. Ce système est basé sur la distribution Ubuntu, trois versions sont rendues disponibles chaque année: aux mois de juin (X.1), d'octobre (X.2) et décembre (X.3).

Liste des versions validées dans le cadre de la procédure décrite sur cette page:

  • Mint 21 ✓ (oper.)
  • Mint 20 ✓ (oper.)
  • Mint 19.3 ✓ (caduque)
  • Mint 19.2 ✓ (caduque)
  • Mint 19.1 ✓ (caduque)
  • Mint 18.2 ✓ (caduque)
  • Mint 18.1 ✓ (caduque)
Les sections débutant avec une icône indiquent les étapes spécifiques aux ordinateurs du laboratoire, à ignorer pour une installation sur un ordinateur personnel.

1. Procédure d'installation

1 - préparation du medium d'installation

Le système d'exploitation est installé à partir d'une clé USB sur laquelle est déposée une image .iso (disponible ici). Un périphérique USB peut être rendu bootable grâce à l'utilisation des logiciels 

USB Stick Formatter

et 

USB Image Writer

disponibles par défaut sous Linux Mint.

Avec certaines versions de Linux Mint, des problèmes d'accès à des périphériques USB peuvent survenir. Une façon de contourner ces problèmes est d'exécuter les programmes mentionnés précédemment en tant que root:
su root
mintstick -m format

et 

su root
mintstick -m iso

2 - installation du système d'exploitation

Les paramètres d'installation utilisés sont ceux par défaut, sans installation des logiciels tiers, avec un clavier canadien multilingue. Le fuseau horaire est choisi en renseignant dans le champ de la ville Mont-real car Mint ne semble pas connaître Montréal… Notez que pour pouvoir avoir accès à la sélection de Mont-real, il faut être connecté à internet.

Sur un ordinateur portable, je vous recommande de choisir l'option de cryptage du disque dur (incluant l'espace libre).

En cas de pépin

  • pour lancer en ligne de commande l'installation de Mint depuis un disque boot:
    ubiquity
  • pour afficher depuis un terminal la fenêtre de paramètres Mint:
    cinnamon-settings

3 - mot de passe root

Depuis un compte utilisateur classique: 

sudo -i

puis: 

passwd

4 - configuration réseau pour connexion à Hephaïstos

Spécifique aux ordinateurs du laboratoire.

Paramétrage d'Hephaïstos

Aucune connexion d'une nouvelle machine n'est possible si le fichier 

/etc/exports

d'Hephaïstos n'a pas été modifié en y ajoutant le nom réseau du nouveau PC installé! Il faudra ensuite exécuter la commande: 

exportfs -r

pour que le nouveau PC puisse se connecter.

Connexion au serveur d'authentification

Une fois le système d'exploitation installé, voici les étapes à suivre en tant que root pour vous connecter à Héphaïstos:

  1. Si /home n'est pas vide, déplacer son contenu dans un répertoire /home_local:
    mkdir /home_local/
chmod 700 /home_local
mv /home/* /home_local/
  2. installer les paquets requis:
    apt-get -y install autofs portmap nis nfs-common gnome-terminal ssh

    Le nom du serveur à renseigner est me2

  3. si aucun écran n'est apparu vous demandant le nom du serveur nis, il faut créer un fichier manuellement:
    nano /etc/defaultdomain

    et écrire 

    me2
    -> ctrl + x
-> y
-> entrée
  4. ajouter au fichier yp.conf la ligne:
    nano /etc/yp.conf

    et écrire 

    domain me2 server 132.207.39.99
  5. modifier le fichier nsswitch.conf:
    nano /etc/nsswitch.conf

    modifier les lignes: 

    -> passwd : compat nis
-> group  : compat nis
-> shadow : compat nis

    et ajouter à la fin de ce fichier: 

    automount: nis
  6. arrêter manuellement quelques services:
    service autofs stop
service ypbind stop
service portmap stop
  7. apporter un correctif spécifique à Ubuntu pour permettre au PC de démarrer correctement:
    systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service
  8. redémarrer les services éteints:
    service portmap start
service ypbind start
service autofs start
systemctl enable ypbind
systemctl enable autofs

À ce stade, en se déplaçant dans 

/apps/hephaistos/

on doit voir les répertoires du serveur.

Inscription DNS

Pour les nouveaux PC, ou lorsque le lieu de connexion du PC a changé, envoyer l'adresse MAC de la machine à notre analyste réseau mec-informatique@polymtl.ca pour l'inscription DNS: 

ifconfig

5 - configuration de l'interface de connexion

Lightdm (Ubuntu 16/18, Mint 17/18/19)

Il faut éditer le fichier lightdm.conf (valable pour Mint 19): 

nano /etc/lightdm/lightdm.conf.d/70-linuxmint.conf

et y écrire: 

[SeatDefaults]
user-session=cinnamon
greeter-show-manual-login = true
greeter-hide-users = true
allow-guest = false

Activation de Xrdp

Installer Xrdp et net-tools: 

apt-get install xrdp net-tools

puis activer Xrdp: 

systemctl enable xrdp

Attention: des problèmes de prise en compte des claviers canadiens français multilingues ont été notés. Il faut exécuter la commande: 

setxkbmap

en tant que root sur chaque PC pour les régler (testé sur coros-05 en janvier 2022).

6 - configuration locale du poste

Le service logind sous Mint semble causer un ralentissement de la connexion au serveur d'authentification (incompatibilité avec NIS probablement). Il est présentement expérimenté de désactiver ce service (coros-02, crs-0x, coros-01):
systemctl mask systemd-logind.service

Il est déconseillé de désactiver ce service sur une machine qui ne serait pas connectée au réseau du laboratoire.

Mise à jour

Mint 20

Mint 19.1

Liste de logiciels requis au laboratoire

La commande de base à exécuter est:

Mint 21

apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep pdftk-java texstudio pdftk xournal

Mint 20

apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser libapache2-mod-wsgi apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp openshot guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep

Pour un ordinateur personnel, ajouter les composants:

Et éventuellement le mount d'un disque local (le plus simple est d'utiliser l'utilitaire disks de Mint après installation), en tant que root: 

mkdir /local
mount /dev/sda2 /local

Il faut ensuire créer le lien symbolique suivant: 

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6

Ce dernier lien est requis pour la bonne utilisation du code opti_aubes (les instructions MatPlotLib qu'il contient cherchent la bibliothèque de programme libffi.so.6 qui a été remplacée par libffi.so.7 sous Linux Mint 20.x, voir. ce forum).

Mint 19.1

Mint 19.1

2. Installation de logiciels et composants

Mint 20.x

Choix de version

  • À partir de la version 2021.0, Salome meca ne fait plus appel à des dépendances systèmes, celles-ci sont incluses dans un “Singularity Container” dans le but de faciliter l'installation.
  • Le temps d'ouverture de l'application est significativement plus long à cause du chargement du container, ce qui pose problème dans le contexte d'optimisation itératif. Ci-dessous quelques temps d'exécution:
    • module CST: version 2020.0.1 ⇒ 11 sec VS version 2021.0 ⇒ 19 sec
    • ouverture de salome meca en interactif ⇒ 2020.0.1 ⇒ 1.2 sec VS version 2021.0 ⇒ 4.4 sec
  • Par conséquent la version 2020.0.1 de salome meca est considérée dans tout ce qui suit.

Vérification de l'intégrité du téléchargement

  • De fréquentes erreurs de téléchargement à partir du site de salome meca entraînenent la corruption des archives et des erreurs d'exécution (type erreur MD5). La procédure ci-dessous est recommandée:
  • 1. Copier le lien de la version à télécharger à partir de cette page et faire le téléchargement à partir du terminal: 
    • wget https://code-aster.org/FICHIERS/salome_meca-2020.0.1-1-universal.tgz
  • 2. Décompresser le fichier .tar
  • 3. Obtenir le hash du fichir avec la commande suivante et le comparer à celui donné sur la page de téléchargement
    • sha1sum salome_meca-2020.0.1-1-universal.run
    • si le hash n'est pas bon recommencer le téléchargement ! (il m'a fallu plusieurs essais)

Précautions d'installation

  • 1. placer le fichier téléchargé dans un dossier ne contenant PAS d'accent (même sous linux!) avant de lancer l'installation !!
  • 2. lancer l'installation avec:
    • ./salome_meca-2020.0.1-1-universal.run
  • 3. bien suivre les messages d'installation en terminal lors de l'installation, en particulier, il se peut que des librairies soient manquantes. J'ai par exemple dû installer :
    •  sudo apt-get install net-tools
    • vérifier la liste des prérequis ici
    • bug rencontré sous Ubuntu 22 : application non créee ⇒ nécessite d'utiliser python2 aliasé comme python temporairement
  • 4. tenter le lancement de salome meca en interface graphique d'abord. L'exécutable est localisé dans 
    •  dossier_installation/appli_V2020.0.1_universal_universal/salome
  • 5. tester l'ouverture des différentes modules dans la barre en haut (GEOM, SMESH, AsterStudy)
  • Quelques erreur rencontrées et références utiles pouvait aider à l'installation:
    • OpenGl_Window::CreateWindow: glXCreateContext failed. ⇒ forum
    • Failed to activate module AsterStudy, problèmes de librairie libffi.so. ⇒ forum

Requis sous Mint 19.x

code Aster seul

Vérification de l'intégrité du téléchargement

  • De fréquentes erreurs de téléchargement à partir du site de code aster entraînent la corruption des archives et des erreurs d'exécution (type erreur MD5). La procédure ci-dessous est recommandée:
  • 1. Copier le lien de la version à télécharger à partir de cette page et faire le téléchargement à partir du terminal: 
    • wget https://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-14.6.0-1.noarch.tar.gz
  • 2. Décompresser le fichier .tar
  • 3. Obtenir le hash du fichier avec la commande suivante et le comparer à celui donné sur la page de téléchargement
    • sha1sum nom_fichier
    • si le hash n'est pas bon, recommencer le téléchargement !

précautions d'installation

  • 1. placer le fichier téléchargé dans un dossier ne contenant PAS d'accent (même sous linux!) avant de lancer l'installation !!
    • voir à ce sujet le dernier message de ce post
    • si ce n'est pas fait, l'erreur suivante pourrait survenir : error while loading shared libraries: libmed.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory
  • 2. Vérifier que tous les prérequis sont bien installés (voir README)
  • 3. Lancer l'installation (infos dans le readme), la compilation prend un peu de temps.
    • désactiver les environnements conda pour l'installation (conda deactivate) (pas trouvé comment le faire marcher avec même en modifiant les options de setup.cfg
    • lien utile
  • 4. L'exécutable aster est 
    dossier_aster/bin/as_run

    . Tester l'installation avec : 

    •  as_run --version
  • 5. Faire un calcul test avec : 
    •  as_run --vers=14.6 --test forma01a
    • Le résultat est disponible dans ce fichier recap.txt. Ce n'est pas grave si il y a une “ALARM” due à l'exécution d'une vieille version de code aster.

OpenFoam / Paraview

Installation d'OpenFoam / Paraview

OpenFoam 6

Les commandes ci-dessous sont issues de la page d'installation du site officiel d'openfoam. Ces commandes sont à exécuter en tant que root.

  1. se placer dans un répertoire temporaire: 
    cd /tmp
  2. téléchargement: 
    sh -c "wget -O - http://dl.openfoam.org/gpg.key | apt-key add -"
  3. ajout d'un dépot: 
    add-apt-repository http://dl.openfoam.org/ubuntu
  4. recherche des mises à jour: 
    apt-get update
  5. installation: 
    apt-get -y install openfoam6
  6. inscription dans le .bashrc:
    echo '# ' >> ~/.bashrc
echo '# appel openFoam' >> ~/.bashrc
echo '. /opt/openfoam6/etc/bashrc' >> ~/.bashrc

Pour vérifier la bonne installation d'openfoam, il suffit d'exécuter: 

simpleFoam

Paraview

En tant que root: 

apt-get install paraview
apt-get install paraview-dev

ou, manuellement:

  1. lancer Synaptic: 
    synaptic
  2. rechercher paraview et cocher 
    paraview-dev

    pour installation

  3. sélectionner apply changes pour installer le logiciel

Pour vérifier la bonne installation de paraView, il suffit d'exécuter: 

paraFoam -builtin

thèmes Geany

Spécifique aux ordinateurs du laboratoire.

Exécutez la commande: 

cp /apps/hephaistos/logiciels/linux/geany/*.conf /usr/share/geany/colorschemes/;chmod u=rw /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod g=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod o=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;

PDFTK (inutile sur les systèmes Mint 21 et plus récents)

Au 20 juillet 2019; les liens internet du script ont été mis à jour. Pour pouvoir installer pdftk sur Ubuntu 18.04 ou Mint 19.x, il faut exécuter en tant que root: 

cd ~
gedit pdftk_install.sh

et copier dans ce fichier les lignes suivantes:

fichier pdftk_install.sh

Il faut ensuite rendre le fichier exécutable: 

chmod 700 pdftk_install.sh

puis l'exécuter: 

./pdftk_install.sh

imprimante (salle C-551)

Spécifique aux ordinateurs du laboratoire.

En tant que root: 

system-config-printer

ajouter une imprimante réseau (M402dw - HP).

paramétrage SSH

Il ne faut pas oublier de permettre la connexion SSH pour root en modifiant l'option 

PermitRootLogin

à: 

PermitRootLogin yes

Depuis la version 19 de la distribution Mint, la configuration par défaut de 

ssh

a été modifiée et cela a pour conséquence de créer un délai (de l'ordre de la trentaine de secondes) lors d'une connexion ssh sur une machine du laboratoire. Pour remédier à ce problème, il faut s'assurer que dans le fichier 

/etc/ssh/sshd_config

les options suivantes sont prises en compte : 

GSSAPIAuthentication no
GSSAPICleanupCredentials yes
UsePAM no
UseDNS no

Plus d'informations à ce sujet ici.

Les fichiers ci-dessous doivent être placés dans /etc/ssh/ (il faut supprimer l'extension .txt):

  • ssh_config, ssh_config.txt contenu du fichier:
  • sshd_config, sshd_config.txt contenu du fichier:

Orval

Pour pouvoir lancer Orval, installez les composants suivants:

Mint 20

Mint 19.1

Ansys

Pour pouvoir exécuter Ansys, il faut également exécuter: 

apt-get install libmotif-dev

puis installer 

libXp.so.6

en téléchargeant dans 

/tmp

ce fichier et en l'installant à l'aide de la commande: 

dpkg -i /tmp/libxp6_1.0.2-1ubuntu1_amd64.deb
La procédure d'installation de Python MKL, qui peut être faite à ce stade de l'installation est décrite sur cette page wiki.

3. Problèmes connus

pas de son pour les utilisateurs LDAP

Problème fort mystérieux qui semble lié à un problème de permission des comptes LDAP. Après plusieurs tentatives, et deux reboot, il semble que ces commandes résolvent le problème: 

apt install alsa-base
alsa force-reload

Il est aussi recommandé d'installer pavucontrol: 

apt-get install pavucontrol

erreur au lancement de Matlab

Attention: une nouvelle bibliothèque est requise sous Mint 20 pour pouvoir exécuter Matlab et éviter une erreur de type segmentation fault (core dumped):
apt-get -y install libncurses5

Sur les dernières versions de Mint (> 20) et Ubuntu (> 20.04), le message d'erreur suivant apparaît au lancement de Matlab: 

p106594@x1:~$ matlab
MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering.
Segmentation fault (core dumped)

Sur l'ordinateur où le problème est apparu, Matlab est installé localement dans le répertoire: 

usr/local/MATLAB/R2015b

Le problème a été réparé en procédant de la façon suivante:

  1. installation du paquet 
    libncurses5

    (legacy version) avec synaptic

  2. création des liens symboliques:
    ln -s lib/x86_64-linux-gnu/libncursesw.so.6 /usr/local/MATLAB/R2015b/bin/glnxa64/libncursesw.so.5
ln -s lib/x86_64-linux-gnu/libncurses.so.5 /usr/local/MATLAB/R2015b/bin/libncursesw.so.5

perte automount au redémarrage du PC

Description du problème

Sur certains ordinateurs (notamment Coros-06), il a été observé une perte de connexion automount après le redémarrage de l'ordinateur. Concrètement, ceci signifie que les répertoires 

/apps/hephaistos/...

ne sont pas accessibles, ce qui empêche toute ouverture de session sur l'ordinateur.

L'exécution en tant que root des commandes suivantes permet de rétablir la connexion: 

service autofs stop
service ypbind stop
service portmap stop
systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service 
service portmap start 
service ypbind start 
service autofs start

Il semble que le problème soit lié à un chargement trop rapide de certains services au démarrage de l'ordinateur. Il n'est toutefois pas clair pourquoi ce problème n'est apparu que sur Coros-06…

Résolution

Benoît Charbonneau propose de suivre les étapes suivantes pour remédier au problème:

  1. Créer le fichier 
    /etc/systemd/system/network-online.service
  2. Mettre ce contenu dans le fichier
    [Unit]
Description=Wait until NM actually online
Requires=NetworkManager-wait-online.service
After=NetworkManager-wait-online.service

[Service]
Type=oneshot
ExecStart=/usr/bin/nm-online -q --timeout=120
RemainAfterExit=yes

[Install]
WantedBy=multi-user.target

Activer le nouveau service
systemctl daemon-reload
systemctl enable --now network-online.service

Éditer le fichier /lib/systemd/system/autofs.service par ajouter network-online.service dans Requires et After

[Unit]
Description=Automounts filesystems on demand
Requires=network-online.service network.target rpc-statd.service rpcbind.service
After=network-online.service network.target ypbind.service sssd.service network-online.target remote-fs.target
Wants=network-online.target

[Service]
ExecStartPre=/bin/sleep 10
Type=forking
PIDFile=/var/run/autofs.pid
EnvironmentFile=-/etc/default/autofs
ExecStart=/usr/sbin/automount $OPTIONS --pid-file /var/run/autofs.pid
ExecReload=/bin/kill -HUP $MAINPID
TimeoutSec=180

[Install]
WantedBy=multi-user.target

erreur au lancement d'Aster study

Si le message d'erreur: 

ImportError: libffi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory

apparaît au lancement d'Aster study, il faut suivre la procédure suivante:

  1. téléchargement du fichier:
    wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/libf/libffi/libffi6_3.2.1-8_amd64.deb
  2. installation de la bibliothèque de programmes associée:
    sudo apt install ./libffi6_3.2.1-8_amd64.deb
  • ressources/linux/utilisation/base/installation/archives/accueil.txt
  • Dernière modification : 2024/02/23 06:43
  • de alainbatailly