Ne pas oublier d'installer le dernier driver vidéo Nvidia pour éviter les problèmes de blocage de l'ordinateur.
Cette page vous permet de configurer un ordinateur sur le modèle de ceux du laboratoire. La distribution Linux utilisée au laboratoire est Linux Mint. Ce système est basé sur la distribution Ubuntu, trois versions sont rendues disponibles chaque année: aux mois de juin (X.1), d'octobre (X.2) et décembre (X.3).
Liste des versions validées dans le cadre de la procédure décrite sur cette page:
Le système d'exploitation est installé à partir d'une clé USB sur laquelle est déposée une image .iso (disponible ici). Un périphérique USB peut être rendu bootable grâce à l'utilisation des logiciels
USB Stick Formatter
et
USB Image Writer
disponibles par défaut sous Linux Mint.
su root mintstick -m format
et
su root mintstick -m iso
Les paramètres d'installation utilisés sont ceux par défaut, sans installation des logiciels tiers, avec un clavier canadien multilingue. Le fuseau horaire est choisi en renseignant dans le champ de la ville Mont-real
car Mint ne semble pas connaître Montréal… Notez que pour pouvoir avoir accès à la sélection de Mont-real
, il faut être connecté à internet.
Sur un ordinateur portable, je vous recommande de choisir l'option de cryptage du disque dur (incluant l'espace libre).
ubiquity
cinnamon-settings
Depuis un compte utilisateur classique:
sudo -i
puis:
passwd
Aucune connexion d'une nouvelle machine n'est possible si le fichier
/etc/exports
d'Hephaïstos n'a pas été modifié en y ajoutant le nom réseau du nouveau PC installé! Il faudra ensuite exécuter la commande:
exportfs -r
pour que le nouveau PC puisse se connecter.
Une fois le système d'exploitation installé, voici les étapes à suivre en tant que root pour vous connecter à Héphaïstos:
/home
n'est pas vide, déplacer son contenu dans un répertoire /home_local
:mkdir /home_local/ chmod 700 /home_local mv /home/* /home_local/
apt-get -y install autofs portmap nis nfs-common gnome-terminal ssh
Le nom du serveur à renseigner est me2
nano /etc/defaultdomain
et écrire
me2
-> ctrl + x -> y -> entrée
nano /etc/yp.conf
et écrire
domain me2 server 132.207.39.99
nano /etc/nsswitch.conf
modifier les lignes:
-> passwd : compat nis -> group : compat nis -> shadow : compat nis
et ajouter à la fin de ce fichier:
automount: nis
service autofs stop service ypbind stop service portmap stop
systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service
service portmap start service ypbind start service autofs start systemctl enable ypbind systemctl enable autofs
À ce stade, en se déplaçant dans
/apps/hephaistos/
on doit voir les répertoires du serveur.
Pour les nouveaux PC, ou lorsque le lieu de connexion du PC a changé, envoyer l'adresse MAC de la machine à notre analyste réseau mec-informatique@polymtl.ca
pour l'inscription DNS:
ifconfig
Il faut éditer le fichier lightdm.conf (valable pour Mint 19):
nano /etc/lightdm/lightdm.conf.d/70-linuxmint.conf
et y écrire:
[SeatDefaults] user-session=cinnamon greeter-show-manual-login = true greeter-hide-users = true allow-guest = false
Installer Xrdp et net-tools:
apt-get install xrdp net-tools
puis activer Xrdp
:
systemctl enable xrdp
Attention: des problèmes de prise en compte des claviers canadiens français multilingues ont été notés. Il faut exécuter la commande:
setxkbmap
en tant que root sur chaque PC pour les régler (testé sur coros-05 en janvier 2022).
logind
sous Mint semble causer un ralentissement de la connexion au serveur d'authentification (incompatibilité avec NIS probablement). Il est présentement expérimenté de désactiver ce service (coros-02, crs-0x, coros-01):systemctl mask systemd-logind.service
Il est déconseillé de désactiver ce service sur une machine qui ne serait pas connectée au réseau du laboratoire.
La commande de base à exécuter est:
apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep pdftk-java texstudio pdftk xournal
apt-get -y install gedit geany geany-plugin* meld fail2ban cifs-utils nfs-common libwx-perl libwxbase3.0-dev libboost-dev libuser libapache2-mod-wsgi apache2 fail2ban htop filezilla rsync members nfs-common sshpass git gfortran gcc g++ libreoffice imagemagick emacs gummi liblapack-dev libarpack2-dev texlive-full inkscape gitg thunar giggle lyx csh nemo sshpass ssh clusterssh gitk blender kwrite gimp openshot guake guake-indicator evince gedit libboost-dev libblas-dev liblapack-dev libboost-dev libblas-dev liblapack-dev okular rdesktop biber screen jabref myspell-fr-gut pavucontrol pdfgrep
Pour un ordinateur personnel, ajouter les composants:
Et éventuellement le mount
d'un disque local (le plus simple est d'utiliser l'utilitaire disks
de Mint après installation), en tant que root:
mkdir /local mount /dev/sda2 /local
Il faut ensuire créer le lien symbolique suivant:
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6
Ce dernier lien est requis pour la bonne utilisation du code opti_aubes
(les instructions MatPlotLib qu'il contient cherchent la bibliothèque de programme libffi.so.6
qui a été remplacée par libffi.so.7
sous Linux Mint 20.x, voir. ce forum).
wget https://code-aster.org/FICHIERS/salome_meca-2020.0.1-1-universal.tgz
sha1sum salome_meca-2020.0.1-1-universal.run
./salome_meca-2020.0.1-1-universal.run
sudo apt-get install net-tools
python
temporairementdossier_installation/appli_V2020.0.1_universal_universal/salome
wget https://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-14.6.0-1.noarch.tar.gz
sha1sum nom_fichier
conda deactivate
) (pas trouvé comment le faire marcher avec même en modifiant les options de setup.cfg
dossier_aster/bin/as_run
. Tester l'installation avec :
as_run --version
as_run --vers=14.6 --test forma01a
Les commandes ci-dessous sont issues de la page d'installation du site officiel d'openfoam. Ces commandes sont à exécuter en tant que root
.
cd /tmp
sh -c "wget -O - http://dl.openfoam.org/gpg.key | apt-key add -"
add-apt-repository http://dl.openfoam.org/ubuntu
apt-get update
apt-get -y install openfoam6
echo '# ' >> ~/.bashrc echo '# appel openFoam' >> ~/.bashrc echo '. /opt/openfoam6/etc/bashrc' >> ~/.bashrc
Pour vérifier la bonne installation d'openfoam, il suffit d'exécuter:
simpleFoam
En tant que root:
apt-get install paraview apt-get install paraview-dev
ou, manuellement:
Synaptic
: synaptic
paraview
et cocher paraview-dev
pour installation
apply changes
pour installer le logicielPour vérifier la bonne installation de paraView, il suffit d'exécuter:
paraFoam -builtin
Exécutez la commande:
cp /apps/hephaistos/logiciels/linux/geany/*.conf /usr/share/geany/colorschemes/;chmod u=rw /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod g=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;chmod o=r /usr/share/geany/colorschemes/*.conf;
Au 20 juillet 2019; les liens internet du script ont été mis à jour. Pour pouvoir installer pdftk sur Ubuntu 18.04 ou Mint 19.x, il faut exécuter en tant que root:
cd ~ gedit pdftk_install.sh
et copier dans ce fichier les lignes suivantes:
Il faut ensuite rendre le fichier exécutable:
chmod 700 pdftk_install.sh
puis l'exécuter:
./pdftk_install.sh
En tant que root:
system-config-printer
ajouter une imprimante réseau (M402dw - HP).
Il ne faut pas oublier de permettre la connexion SSH pour root en modifiant l'option
PermitRootLogin
à:
PermitRootLogin yes
Depuis la version 19 de la distribution Mint, la configuration par défaut de
ssh
a été modifiée et cela a pour conséquence de créer un délai (de l'ordre de la trentaine de secondes) lors d'une connexion ssh sur une machine du laboratoire. Pour remédier à ce problème, il faut s'assurer que dans le fichier
/etc/ssh/sshd_config
les options suivantes sont prises en compte :
GSSAPIAuthentication no GSSAPICleanupCredentials yes UsePAM no UseDNS no
Plus d'informations à ce sujet ici.
Les fichiers ci-dessous doivent être placés dans /etc/ssh/
(il faut supprimer l'extension .txt
):
Pour pouvoir exécuter Ansys, il faut également exécuter:
apt-get install libmotif-dev
puis installer
libXp.so.6
en téléchargeant dans
/tmp
ce fichier et en l'installant à l'aide de la commande:
dpkg -i /tmp/libxp6_1.0.2-1ubuntu1_amd64.deb
Problème fort mystérieux qui semble lié à un problème de permission des comptes LDAP. Après plusieurs tentatives, et deux reboot
, il semble que ces commandes résolvent le problème:
apt install alsa-base alsa force-reload
Il est aussi recommandé d'installer pavucontrol
:
apt-get install pavucontrol
apt-get -y install libncurses5
Sur les dernières versions de Mint (> 20) et Ubuntu (> 20.04), le message d'erreur suivant apparaît au lancement de Matlab:
p106594@x1:~$ matlab MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering. Segmentation fault (core dumped)
Sur l'ordinateur où le problème est apparu, Matlab est installé localement dans le répertoire:
usr/local/MATLAB/R2015b
Le problème a été réparé en procédant de la façon suivante:
libncurses5
(legacy version) avec synaptic
ln -s lib/x86_64-linux-gnu/libncursesw.so.6 /usr/local/MATLAB/R2015b/bin/glnxa64/libncursesw.so.5 ln -s lib/x86_64-linux-gnu/libncurses.so.5 /usr/local/MATLAB/R2015b/bin/libncursesw.so.5
Sur certains ordinateurs (notamment Coros-06), il a été observé une perte de connexion automount après le redémarrage de l'ordinateur. Concrètement, ceci signifie que les répertoires
/apps/hephaistos/...
ne sont pas accessibles, ce qui empêche toute ouverture de session sur l'ordinateur.
L'exécution en tant que root
des commandes suivantes permet de rétablir la connexion:
service autofs stop service ypbind stop service portmap stop systemctl add-wants multi-user.target rpcbind.service service portmap start service ypbind start service autofs start
Il semble que le problème soit lié à un chargement trop rapide de certains services au démarrage de l'ordinateur. Il n'est toutefois pas clair pourquoi ce problème n'est apparu que sur Coros-06…
Benoît Charbonneau propose de suivre les étapes suivantes pour remédier au problème:
/etc/systemd/system/network-online.service
[Unit] Description=Wait until NM actually online Requires=NetworkManager-wait-online.service After=NetworkManager-wait-online.service [Service] Type=oneshot ExecStart=/usr/bin/nm-online -q --timeout=120 RemainAfterExit=yes [Install] WantedBy=multi-user.target Activer le nouveau service systemctl daemon-reload systemctl enable --now network-online.service Éditer le fichier /lib/systemd/system/autofs.service par ajouter network-online.service dans Requires et After [Unit] Description=Automounts filesystems on demand Requires=network-online.service network.target rpc-statd.service rpcbind.service After=network-online.service network.target ypbind.service sssd.service network-online.target remote-fs.target Wants=network-online.target [Service] ExecStartPre=/bin/sleep 10 Type=forking PIDFile=/var/run/autofs.pid EnvironmentFile=-/etc/default/autofs ExecStart=/usr/sbin/automount $OPTIONS --pid-file /var/run/autofs.pid ExecReload=/bin/kill -HUP $MAINPID TimeoutSec=180 [Install] WantedBy=multi-user.target
Si le message d'erreur:
ImportError: libffi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
apparaît au lancement d'Aster study, il faut suivre la procédure suivante:
wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/libf/libffi/libffi6_3.2.1-8_amd64.deb
sudo apt install ./libffi6_3.2.1-8_amd64.deb